Para aplicar Bootstrap a un control select debemos fijar la clase "form-control" al select respectivo.
Veamos un ejemplo donde inicializamos dos controles select (uno de selección unitario de elemento y otro control select que permita la selección simultanea de varios elementos:
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Prueba de Bootstrap</title>
<link href="css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
</head>
<body>
<div class="container">
<form role="form">
<label for="control1">
Seleccione un elemento</label>
<select class="form-control" id="control1">
<option>1</option>
<option>2</option>
<option>3</option>
<option>4</option>
<option>5</option>
</select>
<label for="control2">
Seleccione varios elementos</label>
<select multiple class="form-control" id="control2">
<option>1</option>
<option>2</option>
<option>3</option>
<option>4</option>
<option>5</option>
</select>
<button type="submit" class="btn btn-default">Enviar</button>
</form>
</div>
</body>
</html>
Para la selección unitario lo inicializamos al control select:
<select class="form-control" id="control1">
<option>1</option>
<option>2</option>
<option>3</option>
<option>4</option>
<option>5</option>
</select>
Y para la selección múltiple:
<select multiple class="form-control" id="control2">
<option>1</option>
<option>2</option>
<option>3</option>
<option>4</option>
<option>5</option>
</select>
En el navegador podemos comprobar como se muestra cada uno de estos tipos de control select:
